使用BEDOPS将gtf格式转换为bed格式。
安装
安装BEDOPS可以使用bioconda做的docker镜像：https://quay.io/repository/biocontainers/bedops
1 | docker pull quay.io/biocontainers/bedops:2.4.35--h2d50403_1 |
注意把上面命令中的tag（2.4.35--h2d50403_1）替换成最新的版本。
使用
启动docker容器后，使用gtf2bed命令：
1 | gtf2bed < foo.gtf |
转换后的bed文件将被直接输出在标准输出上。
如果需要将bed转换回gtf，可以使用awk：
1 | awk '{print $1"\t"$7"\t"$8"\t"($2+1)"\t"$3"\t"$5"\t"$6"\t"$9"\t"(substr($0, index($0,$10)))}' foo_subset.bed > foo_subset.gtf |
参考
1. https://github.com/bedops/bedops ↩
2. https://bioconda.github.io/recipes/bedops/README.html ↩
3. https://bedops.readthedocs.io/en/latest/content/reference/file-management/conversion/gtf2bed.html ↩
